WordPress ana dizine kurmak yerine kendi alt klasörüne kurmak için wordpress.org da bulunan bu yazıyı okuyabilirsiniz.
Multisite wordpress kurulumunuzu ise alt dizine taşıdığınızda subdomainlerinizin çalışması için ana dizine aşağıdaki htaccess dosyasını eklemelisiniz.
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([a-z0-9]+[.])?example.com$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/MYSUBFOLDERNAME/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /MYSUBFOLDERNAME/$1
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([a-z0-9]+[.])?EXAMPLE.com$
RewriteRule ^(/)?$ MYSUBFOLDERNAME/index.php [L]
</IfModule>
